В основния и в научно-спомагателния фондове на музея се съхраняват 26 069 фондови единици.
Отдел „Занаяти“ Създаден през 1972 година. С различна продължителност в него работят уредниците Анна Станчева, Пенка Колева, Росица Бинева и Дамян Христов. Отделът проучва и съхранява занаятчийски инструменти, технологии и изделия от края на ХІХ до средата на ХХ в., показващи развитието на отделните занаяти от Старопланинския регион. Интерес представляват колекциите от изделия на местните занаятчии—дървостругари, ножари, ковачи, куюмджии. Част от отдела са двама майстори мутафчии и един майстор гайтанджия, които създават традиционни за съответния занаят изделия.
Отдел „Духовна култура“ Създаден през 1974 година. През годините с работата му са ангажирани доц. д-р Ангел Гоев, д-р Илия Вълев, Павлина Дамянова, а през 2024 година—Румяна Денчева. Отделът събира и проучва нематериалното културно наследство. Разполага с богата колекция от народни музикални инструменти. Ценни експонати са църковната утвар, както и различен обреден реквизит. Интересна е богатата колекция от „Обредни хлябове“ (гипсови отливки). Съществена част от фонда е библиотеката на адвоката Никола Сокеров.
Отдел „Бит и поминък“ Създаден през 2020 година, отделът е обслужван от уредниците Румяна Денчева и Даниела Димкова. От края на 2023 година, на мястото на Румяна Денчева, част от отдела става главен уредник д-р Ирина Димитрова. Той обединява работата на два по-стари отдела—„Бит и домашни занятия" и „Поминък", съществуващи през различни периоди от време.
Отдел „Бит и домашни занятия“ е създаден през 1972 година. С различна продължителност в него работят уредниците Пенка Колева, Величка Илиева и Галя Кръстева. В отдела се събира и проучва бита, традиционното облекло, тъкаческата култура, храната и храненето, битовите дейности и домашните занятия на населението от района на Централна Стара планина от края на XIX век до наши дни. Отделът притежава колекции от автентични костюми и тъкани от различни етнографски области в България—северняшка, добруджанска, шопска, пиринска, тракийска. В него се съхраняват и ценни предмети на бита. Всички те са от периода XIX–XX век.
Отдел „Поминък“ е създаден през 1980 година под името „Селско стопанство“ и към дейността му, през различни периоди, са ангажирани уредниците Иван Ботев, Иванка Лилова и Георги Георгиев. От 2016 г. отделът е преименуван в „Поминък“. Отделът събира и проучва традиционно земеделие, скотовъдство и други поминъчни форми в района на Централна Стара планина. Интерес представляват колекциите от земеделски инвентар—вили, грапи, дикани, плетени изделия.
Отдел „Фондове“ Създаден е през 1980 година. През различни периоди в него работят Минка Дачева, Минка Бъчварова, Пенка Добрева, Румяна Денчева. От януари 2016 година в отдела влизатМария Ковачева и Мариета Илиева. Фондовете на отделите в музея са обособени по колекции, в зависимост от видовете материали.
Отдел „Научен архив и библиотека“ Създаден през 2020 година. В него се съхраняват документи, свързани с историята на музея. Архивните единици са 359. Уредник в отдела е Георги Георгиев. Библиотеката на музея съществува от 1973 година. Тя подпомага научно-изследователската и популяризаторската дейност на музейните специалисти, научни работници, студенти и граждани, като им предоставя библиотечните фондове и библиографска информация. Основното ѝ съдържание е от тематична литература, свързана с профила на институцията. Библиотеката разполага с най-богатата колекция в България от публикации, отнасящи се за музеите на открито. Има изготвен „Правилник за ползване на библиотеката“. Общ брой на библиотечните материали е 3 786 към 31 декември 2020 г.
Отдел „Архитектура и строителство“ Започна да функционира от 2020 година. С дейността му са ангажирани Павел Митков, уредник „Недвижимо културно наследство“ и арх. Лилия Люцканова.
Научна група към музея Създадена е през 2015 г. Нейни членове са проф. д-р Светла Димитрова, д-р Ваня Донева-Ценкова и д-р Марина Стоянова.
ПОВЕЧЕ ЗА ИСТОРИЯТА НА МУЗЕЙ „ЕТЪР“